La differenza fondamentale fra mouse-trackball e joystick risiede, più che nella forma del comando, nella tecnologia e nella modalità di funzionamento. Occorre precisare che il joystick è nato originariamente come sistema di puntamento diverso dal mouse e ad esso complementare, dedicato tipicamente ad applicazioni di svago. Anche la tecnologia è diversa e la porta di connessione al PC per il joystick è dedicata, anche se oggi largamente in disuso. Esistono due tipi di joystick: analogici (continui) e digitali (discreti) soprattutto consolles per videogames.
Nel campo della disabilità il joystick è il comando più diffuso per il controllo di apparecchiature elettroniche (in primo luogo carrozzine) e quindi costituisce una interfaccia spesso già utilizzata.

La lunghezza della leva, la forza di azionamento richiesta e l’escursione angolare sono le grandezze fondamentali da valutare, insieme alla posizione dei pulsanti e alla modalità di posizionamento e di ancoraggio della base.
Negli ultimi anni, con l’affermarsi del mouse come strumento imprescindibile di input, si è giunti a prodotti ibridi che presentano la forma e l’azionamento caratteristici di un joystick, ma l’elettronica di un mouse, e tali si possono definire a tutti gli effetti. Consentono di direzionare il puntatore sullo schermo in tutte le direzioni senza soluzione di continuità e presentano una proporzionalità diretta fra angolazione della leva e velocità del puntatore: questo significa nella pratica un puntamento fine ed efficiente pari a quello del mouse, a patto di poter dosare le direzioni e la pressione sulla leva.

Questi sistemi sono di frequente utilizzati da disabili con problematiche medio-lievi di controllo del movimento. Rispetto a mouse e trackball presentano infatti alcune caratteristiche interessanti: la leva può essere adattata (allungamento, adattamento del pomello, …) con relativa facilità, in modo da assicurare l’appoggio della mano o l’impugnatura senza sforzo; la leva può essere rilasciata senza alterare la posizione del puntatore e la posizione dei pulsanti di selezione fa sì che il loro azionamento non interferisca in misura minima o nulla sulla direzione. In commercio esistono modelli già forniti di scudo di protezione per i pulsanti.